اعتراض دوم، در آذرماه و هنگامی که حاکم تهران می کوشید با به فلک بستن دو تن از تجار سرشناس شکر قیمت شکر را پایین آورد، روی داد. یکی از این افراد، تاجر هفتاد و نه سالة بسیار محترمی بود که هزینة تعمیر بازار مرکزی و احداث سه مسجد را در تهران پرداخت کرده بود. وی مدعی بود که دلیل افزایش قیمتها نه احتکار بلکه اغتشاشات روسیه است. براساس گفتة یکی از شاهدان عینی، خبر به فلک بستن تجار مثل برق در سراسر بازار پیچید. مغازه ها و کارگاهها بسته شد؛ جمعیت در مسجد بازارگرد آمدند؛ و دو هزار تن از تجار و طلاب به رهبری طباطبایی و بهبهانی در حرم حضرت عبدالعظیم بست نشستند. این گروه از همانجا چهار خواستة اصلی خود را به دولت اعلام کردند: برکناری حاکم تهران؛ عزل نوز؛ اجرای شریعت؛ و تاسیس عدالتخانه. معترضان، موضوع تاسیس عدالتخانه را مبهم گذاشتند تا در مذاکرات بعدی دستشان باز باشد. دولت، نخست با چنین نهادهایی به دلیل اینکه همة شئونات و امتیازات را- «حتی میان شاهزادگان و بقالان معمولی»- از بین میبرد، مخالفت ورزید و به معترضان اعلام کرد که اگر ایران را دوست ندارند میتوانند به آلمان «دموکراتیک» بروند. اما پس از یک ماه تلاش ناموفق برای درهم شکستن اعتصاب عمومی در تهران، سرانجام تسلیم شد. معترضان پیروز در بازگشت به شهر با استقبال جمعیت پرشماری که فریاد «زنده باد ملت ایران» سر داده بودند، روبرو شدند. ناظم الاسلام کرمانی در خاطرات خود می نویسد که عبارت «ملت ایران» تا آن هنگام هرگز در خیابانهای تهران شنیده نشده بود.
سومین مرحله از اعتراضات در محرم سال 1285/1906 بود. این اعتراضات بیشتر نتیجة ناتوانی شاه در تشکیل عدالتخانه و عزل نوز و تا حدودی شدت عمل پلیس برای دستگیری واعظی بود که علناً علیه دولت سخنرانی کرده بود. وی در این سخنرانی موارد اصلی نارضایتی را به خوبی خلاصه می‌کند:
ای ایرانیان! ای برادران عزیز من! تا کی این مستی خائنانه شما را خواب خواهد کرد؟ این مستی بس است. سرهایتان را بلند کنید. چشمهایتان را باز کنید. به اطراف خود نگاه کنید و ببینید که دنیا چقدر متمدن شده است. تمام بردگان آفریقایی و سیاهان زنگبار به سوی تمدن، دانش، کار و ثروت در حرکت اند. نگاهی به همسایة خود (روسها) بیندازید که 200 سال پیش وضعیتی خیلی بدتر از ما داشت. ببینید که حالا چطور صاحب همه چیز میشوند. شود.